Fundamental of Data Science for EESS

# Fundamental of Data Science for EESS

## R session 03 - Data wrangling

.font120[**Daniel Vaulot**]

2019-01-31

.pull-left[
<img src="img/NTU-Logo-full-colour.png" width="50%" style="display: block; margin: auto auto auto 0;" />
]

.pull-right[
<img src="img/logo_SBR.png" width="50%" style="display: block; margin: auto 0 auto auto;" />
]

---

class: middle

## Outline

.font150[
* Concept of tidy data
* Reading data
* Manipulating data
    * Columns
    * Rows
    * Joining tables
]

---

# Installation and Resources

.pull-left[
## Packages

* readxl  : Reading Excel files
* readr   : Reading and writing Text files

* dplyr : Filter and reformat data frames
* tidyr : Make data "tidy"

* stringr :  Manipulating strings
* lubridate : Manipulate date

## Resources
* On-line Book: https://r4ds.had.co.nz/ (Chapter 5)

* Cheat sheets
    * Importing data : https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-import.pdf
    * Cleaning up data : https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf
    * Manipulating strings : https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/strings.pdf
]

.pull-right[

<img src="img/R_for_datascience.png" width="65%" style="display: block; margin: auto;" />
]

---

# Tidy data

1. Each variable must have its own column.
2. Each observation must have its own row.
2. Each value must have its own cell.

---

# Initialize

## Load necessary libraries

```r
library("readxl")  # Import the data from Excel file
library("readr")  # Import the data from Excel file

library("dplyr")  # filter and reformat data frames
library("tidyr")  # make data tidy

library("stringr")  # manipulate strings
library("lubridate")  # manipulate date

library("ggplot2")  # graphics
```

---
layout: true

# Oceanographic data

---

## CARBOM cruise off Brazil

.pull-left[
<img src="img/carbom_cruise.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />

]

.pull-right[

* Stations
* Depth
* Coordinates
* Temperature, Salinity
* Nitrates, Phosphates

<img src="img/carbom_isme.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]
---

## Microbial populations

.pull-left[
<img src="img/picopk-domi.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.pull-right[
<img src="img/carbom_flow_cytometry.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
]
* Flow cytometry : 
    * pico-eukaryotes
    * nano-eukaryotes

---
layout: true

# Read data

---

## Text file - TAB delimited

---

## Reading a text file

```r
samples <- readr::read_tsv("data/CARBOM data.txt")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:right;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

- __readr::read_tsv()__ : read tab delimited files
- __readr::read_csv()__ : read comma delimited files

- __readr::write_tsv()__ : write tab delimited files

---

## Excel sheet

---

## Read the data - read_excel

```r
samples <- readxl::read_excel("data/CARBOM data.xlsx", sheet = "Samples_boat")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Can also select a range : e.g. A1:Q26
* Can skip lines

---

## Bad data input under Excel
<br>

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* There are missing values in the column __station__ because only recorded when changed

---

## Filling missing values - fill

```r
samples <- tidyr::fill(samples, station)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* All missing values have been filled in.

---
# dplyr - Manipulate  tables

@allison_horst

---
layout: true

# Manipulate columns

---

## List columns

```r
colnames(samples)
```

```
 [1] "sample number" "transect"      "station"       "date"         
 [5] "time"          "depth"         "level"         "latitude"     
 [9] "longitude"     "picoeuks"      "nanoeuks"      "phosphates"   
[13] "nitrates"      "temperature"   "salinity"     
```

---

## Summarize columns

```r
summary(samples$depth)
```

```
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
    5.0     5.0    50.0    56.6   100.0   140.0       3 
```

---

## Select specific columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, transect, `sample number`, station, 
    depth, latitude, longitude, picoeuks, nanoeuks)
```

---
## Select a range of columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, transect:nanoeuks)
```

---

## Unselect columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, -nitrates, -phosphates)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Using the pipe operator - %>%

```r
samples_select <- samples %>% dplyr::select(transect:nanoeuks)
```

* It is cleaner to write on 2 lines

```r
  samples_select <- samples %>% 
    dplyr::select(transect:nanoeuks)
```

---

## Renaming variables - rename

```r
samples <- samples %>% dplyr::rename(sample_number = `sample number`)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Creating new variables - mutate

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(pico_pct = picoeuks/(picoeuks+nanoeuks)*100)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* You can also use __transmute()__ but then it will drop all the other columns.
* It is much much better to compute new variables in R than in Excel, because you can easily track and correct errors.

---

## Using the pipe operator you can chain operations

```r
  samples_select <- samples  %>% 
    dplyr::select(sample_number:nanoeuks, level) %>% 
    dplyr::mutate(pico_pct = picoeuks/(picoeuks+nanoeuks)*100)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Creating labels with mutate and stringr functions

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(sample_label = str_c("TR",transect,"St",station, sep="_"))
```

---

## Changing type of some columns - mutate

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(time = str_c(lubridate::hour(time), 
                               lubridate::minute(time), sep=":"))
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Use the `lubridate` package to manipulate dates

---
layout: true

# Manipulating rows

---
## Order rows - arrange

```r
samples <- samples %>% dplyr::arrange(transect, station)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 61.22759 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 69.26705 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.03351 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.86771 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>
* Station 6 is not ordered numerically.  It is because __station__ is a character column.

---

## Order rows - transform to numeric

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(station = as.numeric(station)) %>% 
    dplyr::arrange(transect, station)
```

```
Warning in evalq(as.numeric(station), <environment>): NAs introduced by
coercion
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 61.22759 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 69.26705 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.03351 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.86771 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* One station named "Bloom" could not be converted to numerical (-> NA)

---

## Summarize rows - group_by / summarize

* Group by transect and station
* Compute mean of the percent picoplankton

```r
  samples_mean <- samples %>% 
    dplyr::group_by(transect, station) %>% 
    dplyr::summarise(n_samples = n(), 
              mean_pico_percent = mean(pico_pct, na.rm=TRUE))
```

---

## Filtering rows - filter

* Get only the surface samples

```r
samples_surf <- samples %>% dplyr::filter(level == "Surf")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 57.73672 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 155 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 355 </td>
   <td style="text-align:right;"> 18 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.37 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 95.17426 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 165 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 728 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.28 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 76.31027 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1002 </td>
   <td style="text-align:right;"> 194 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;"> 83.77926 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 744 </td>
   <td style="text-align:right;"> 206 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;"> 78.31579 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* ! Use the logical operators __==__ != > >= < <= is.na()

---
layout: true

# Joining tables

---

---

Very often you have tables that contain a common field and that you need to __join__ together.

A common example in oceanography.  After a cruise you have many tables

Tables :
* Stations - Station #, Longitude, Latitude
* Cast (CTD) - Station #, Cast #, Depth, Temp, Sal (continuous)
* Bottles - Cast #, Depth, Bottle #  
* Water samples - Bottle #, Sample #
* Biological samples - Sample #, Analysis #

You want to know the Longitude and Latitude of a given biological sample.

Analysis # -> Sample # -> Bottle # -> Cast # -> Station # -> Long, Lat

In order to join 2 tables, they must have a common field. It is called the __KEY__.

For example it can be Bottle #, Station #

---

## Sequence samples (metabarcoding)

* Each sample has been split into 2 fractions by sorting : pico- and nano
* These separate samples have then been sequenced to determine the composition of the plankton community

---

## Reading table with sequence samples

```r
  sequences <- readxl::read_excel("data/CARBOM data.xlsx", 
                           sheet = "Samples_sequencing") 
```

---
* Table sequences
<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample </th>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:left;"> fraction </th>
   <th style="text-align:right;"> n_sequences </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 53230 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 47390 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 24007 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 31899 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X120n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 120 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 70455 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Table samples

* The two tables have a common field called __sample_number__ (KEY).

---

## Joining sequence and sample tables.

```r
sequences_join <- left_join(sequences, samples_select)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample </th>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:left;"> fraction </th>
   <th style="text-align:right;"> n_sequences </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 53230 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 47390 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 24007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 31899 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X120n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 120 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 70455 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X120p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 120 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 76182 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X121n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 121 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 52401 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X121p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 121 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 71785 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X122n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 122 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 78740 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X122p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 122 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 37364 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Joining columns with different names

* If the __KEY__ do not have the same name in the two tables it is possible to specify the name of the two columns used for joining.

```r
  sequences <- sequences %>% 
    rename(sample_code = sample_number)
```
--

---

## Joining columns with different names

```r
  sequences_join <- left_join(sequences, samples_select, 
                            by= c("sample_code" = "sample_number"))
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample </th>
   <th style="text-align:left;"> sample_code </th>
   <th style="text-align:left;"> fraction </th>
   <th style="text-align:right;"> n_sequences </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 53230 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 47390 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 24007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 31899 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X120n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 120 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 70455 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X120p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 120 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 76182 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X121n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 121 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 52401 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X121p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 121 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 71785 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X122n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 122 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 78740 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X122p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow;"> 122 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 37364 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Joining with missing data

* Let us remove some samples from the sample table

```r
  samples_select <- samples_select %>% 
    filter(sample_number != "10")
```

---

## Joining with missing data

```r
  sequences_join <- left_join(sequences, samples_select, 
                            by= c("sample_code" = "sample_number"))
```

.student[
* What happened ?
]

---
layout: true

# Wide vs long tables

---

@allison_horst

---

## Go from wide to long - gather

* This is very useful for statistical and plotting purposes

---

## Go from wide to long - gather

```r
  samples_long <- samples_select  %>% 
    tidyr::gather(key="population", value="cell_ml", picoeuks, nanoeuks)
```

## Go from long to wide - spread

---

## Go from long to wide - spread

```r
  samples_wide <- samples_long  %>% 
    tidyr::spread(key="population", value="cell_ml")
```

---
layout: false

# Next time: Data visualization (ggplot2)

.pull-left[
What you will learn :
* Understand the "grammar" of graphics
* Create exploratory graphics
* Finalize graphics for publications
]

.pull-right[

<img src="img/R_for_datascience.png" width="30%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.student[
* Please install the following packages and their dependencies
    * ggplot2
    * cowplot
* Download data files (links on slack)

]
Reading list
* **[Chapter 28 of R for data science](https://r4ds.had.co.nz/graphics-for-communication.html)**
* [Fundamental of data visualization](https://serialmentor.com/dataviz/)
* [Data visualization: practical introduction](http://socviz.co/lookatdata.html#what-makes-bad-figures-bad)